继而中国向几乎所有西方列强宣战，从而战败之后，清政府被迫签约向各国赔款。美国人作为八国联军之一也得到约二千八百万美元的赔款。

        1911年，美国政府将这笔钱退还给中国，其中的一部份退款用来建立一所留美预备学校，叫做清华学堂。一年之后，清华学堂改名叫做清华学校。北阀胜利后，国民政府统一了中国，在南京建立了全国政府，同时将清华学校接管，于1928年改名国立清华大学。从此清华大学走上腾飞的道路，几年之内便成为全国、乃至全世界思想学术的先锋，王国维、梁启超、赵元任、蒋廷黻等著名学者云集清华，可以说，1928年到1937年的十年是清华发展史上最光辉灿烂的时光。

        日本侵华后，清华大学撤退到长沙，于1937年十月在长沙与北京大学和南开大学合组长沙临时大学。长沙沦陷后，清华、北大、南开迁到昆明组成西南联合大学，在昆明的八年期间，西南联大成为思想政治斗争的阵地，大批共产地下产组织渗透进学术圈子。抗战胜利后，清华于1946年迁回北京复校，当时共产党地下组织大肆扩展，清华校园几乎成了共产党北平的指挥部。

        共产党1949年建国后，1952年清华大学遭到严重打击，当年院系调整，把一个具有文、法、理、工、农五个学院的综合性大学裁剪成一个单一的理工科工业大学。